所有暴发性结肠炎患者的初始手术决策是治疗的关键。可行一个腹腔镜下两步回肠囊袋肛管吻合术（IPPA），联合一个临时的回肠造口术。短期结果显示手术病死率很低，长期结果表明，患者满意度高，无永久性造口，瘢痕小等优势。

对于暴发性结肠炎的手术选择，可为患者进行一个所谓的Brooke或称“永久性”回肠造口术，也可以构建科赫囊袋或行自制性回肠造口术。影响选择手术方法的因素很多，主要包括：肥胖、年龄与共存疾病、肛门括约肌张力、生育能力、患者导向的决策和既往腹部手术史等。

    据多项研究显示，肥胖患者的所有囊袋术并发症、吻合口/囊袋狭窄以及炎症性囊袋并发症、囊袋瘘发生率均显著增高。随着患者年龄的增加，手术并发症发生率增高，老年人IPAA之后的功能性结果较差。患者合并疾病也与手术并发症发生率增高相关。

在IPAA后需要有良好的肛门括约肌张力方能保证良好的功能性结果。很多因素可能减弱肛门括约肌的张力，如年龄、既往接受肛门直肠手术（如痔切除术）、阴道分娩女性接受会阴切开术甚至产钳助娩。这些因素都会影响肛门括约肌的功能。在这种情况下，可以考虑接受直肠结肠全切和永久性造口术或自制性造口术。

如功能性腹痛（FAP）患者接受回肠直肠吻合而未破坏盆腔解剖结构，则生育率结果要好得多，几乎可与未接受手术患者的生育率相当。因此，这一结果推动对年轻女性考虑使用结肠次全切除术和末端回肠造口，在患者完成生育任务后再返回接受回肠囊袋手术。另外，患者“导向”对决策的制定有重要影响。既往腹部手术史的影响包括肠粘连会导致手术困难。

疾病特异性问题包括结肠炎的类型、营养不良、腹部并发症和术前药物治疗。出血、穿孔和巨结肠是主要的腹部并发症，需要紧急手术；在这种情况下，几乎所有患者应先接受结肠次全切除和回肠造口术，并放弃金标准手术，即腹腔镜二期回肠囊袋肛管吻合术。

未确定的炎性肠病（IBDU）是一种无充分定义标准，也无法与溃疡性结肠炎和克罗恩病明确区分的疾病。暴发性结肠炎中，IBDU更常见。

营养不良是所有手术术后并发症的风险因素，尤其是经口摄入营养不足14天以上与术后死亡率增高相关。对于这种疾病，术前全胃肠外营养（TPN）的作用是有争议的。

在术前药物治疗对术后病率的影响方面，毫无疑问，使用类固醇激素会影响伤口愈合和吻合口的愈合。对免疫调节剂的研究尚不充分，但 6-巯基嘌呤（6-MP）的影响可能很小。对于接受抗TNF药物治疗的患者，可以考虑采用三期回肠囊袋肛管吻合术。由于暴发性结肠炎患者将所有蛋白（包括TNF）倾倒入肠道中，因此很难在这些患者中检测到蛋白水平升高。

总之，二期腹腔镜IPAA是治疗金标准。会诊时，外科医生应首先想到这种方法。开放式IPAA、腹腔镜/开放式次全切除术都是落后的手术；目前不常用的术式包括：TPC和永久性造口术、自制性回肠造口术以及回肠直肠吻合术。另外，在术前和术中，患者和疾病因素对制定手术决策有重要影响。