最初，由于技术局限性，开始进行随机活检。医生对异型增生的预后价值进行回顾性评价，并对所有异型增生采取同样的治疗。随着技术的发展，人们逐渐了解异型增生的自然病程，高分辨率结肠检查也得以改进，肠道准备也做得更好。虽然随机活检的效果较差，但目前仍不确定能否放弃随机活检，其争议会一直持续，光学结肠镜和现代技术确实能够发现大多数异型增生。最早开展的三项研究显示，异型增生并非总是不可见且与周围炎症或正常黏膜分界不清。事实上，异型增生很容易被观察到。对于隆起性异型增生病变（DALM），一些早期研究已经证实，光学结肠镜检对每个病灶的检测敏感性良好。

影响异型增生观察的潜在因素包括年龄增长导致的视力下降、屏幕分辨率、距离屏幕的距离、检查者的视敏度、内镜专家的经验、撤出内镜的时间、病灶的生物学、镜头分辨率和准备的质量等因素。影响IBD结肠镜检监测成功与否的内镜相关因素包括内镜对异型增生的识别、取样是否足够、干扰性的解剖学表现、是否有假性息肉、是否有狭窄、发现了哪些异常、病灶是否可切除以及是否完全切除。

目前，结直肠的图像增强内镜检查技术已取得进展。通过在结肠应用足够浓度的食用色素，如靛蓝和亚甲基蓝，可以观察整个结肠或结肠局部。通常进行全结肠检查，目的是为了增加腺瘤异型增生的检出率，而针对目标喷洒色素是为了界定病灶边缘。靛蓝和亚甲基蓝可以通过喷洒导管应用。

色素内镜的发展促进了异型增生的检出，但其并没有很好地界定特异性，这是其局限性。此外，目前色素内镜还不能改善患者转归、减少癌症、减少结肠切除术、改善患者生活质量并减少死亡。也缺乏应用靛蓝或亚甲基蓝的统一标准。结肠镜检需要耗费一定的时间，还需要一位有经验的内镜专家，有时还需要应用抗痉挛药物。

亚甲基蓝是一种可吸收色素，可以喷在肠道表面，被小肠黏膜和结肠上皮吸收。前提是这些色素较少被损伤黏膜吸收，或者不被鳞状上皮等吸收。临床上，直接行色素内镜检查有时无法观察炎症反应。因为如果仍有黏液层存在，亚甲基蓝就无法被黏膜吸收。临床实践中通常使用水或黏液溶解剂清洗，如果用水无法很好地清洗黏液层，可以用N-乙酰半胱氨酸来清洗肠腔表面。大量粪便存在时无法对黏膜进行染色和观察。推荐流程是给予PEG灌肠液或其他溶液来直接清洗结肠。以水清洗黏膜，也可以使用10%~20%的黏液溶解剂，这是标准做法。黏液清洗掉后，再喷洒色素。2分钟后冲洗掉多余色素，亚甲基蓝大约需要2分钟能够充分染色。亚甲基蓝是一种吸收性色素，患者可能出现尿液变绿。罕见情况下，患者会出现过敏反应。体外数据提示，白光下应用亚甲基蓝会导致DNA单链断裂。亚甲基蓝对活动性炎症和异型增生染色较差。

靛蓝是一种对比性色素，可以通过喷洒导管或送水装置应用，其通常不会被吸收，因此聚集的色素进入到结肠的沟和裂缝中，能够更好地确定结肠的边界或肿瘤。靛蓝被用于结肠染色，目前还没有上市。

总而言之，目前临床实践仍采取全结肠喷洒色素指导下进行活检。色素内镜检查可以使病灶检测更有效、更方便。通常色素浓度为0.2%，很多医生仍然会进行随机活检。随机活检可以作为色素内镜检查的替代方法，或者用于肠道准备差和有多发假性息肉的患者。内镜下边界清晰、周围黏膜平整且无异型增生征象的病灶适合在内镜下切除。此类患者需要持续监测病灶。一些医生不进行色素内镜检查的主要原因是认为其耗费时间。所有溃疡性结肠炎和克罗恩病患者应当在起病8~10年后接受监测性结肠镜检，以便直观地对疾病进行分级，同时评估增加IBD相关肿瘤风险的内镜下变化。左侧结肠或广泛结肠受累的结肠炎患者和克罗恩病累计超过1/3结肠的患者需要接受监测性结肠镜检。对于IBD相关结肠肿瘤风险最高的患者，需要每年进行监测性结肠镜检。对于低风险患者，英国的学会建议每5年进行一次结肠镜检。色素内镜下靶向活检能够最大程度检出肿瘤，但是接受该项操作的目标人群目前尚未达成共识。